环境微生物多样性测序
产品介绍

      微生物与人类生活息息相关,种类极其庞杂。据保守估计,目前人类已知可分离到的微生物占地球微生物种类的不到1%, 自然界中约有95%~99%的微生物种类是不可分离培养的。二代高通量测序技术的诞生,对于环境微生物多样性分析提供了便捷有效的手段,配合生态学在上世纪70年代就逐渐完善的种群描述模型,极大加速了我们对于微生物种群研究进度。我们已经测试了上千份土壤,植物,海水,极端环境水样,人类皮肤/消化道/口腔,动物肠道等各种类型的样本菌群多样性。分析方法也在不断更新,已经形成了一套完备的环境微生物多样性分析解决方案。

       使用 NovaSeq 6000 测序平台,对环境、动植物等样本中微生物16S/18S/ITS区进行扩增,结合公用数据库Nt,Silva,Greengene(可选)注释,研究样本中菌群分类情况及变化趋势。

技术路线

微信截图_20210909135907.png

送样要求


1. DNA样本
1)请提供 OD260/280 值介于 1.8~2.0 之间,浓度>15ng/ul和体积>10ul的 DNA,并告知提取DNA所用的方法。
2) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
3) 样品保存期间切忌反复冻融。
4)送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封,以防出现污染。
请填写完整的送样订单和DNA电泳检测电子照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
2. 环境样品
1)采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积
物等样品>1g,植物树枝叶片、堆肥等>100g.
2) 样品保存期间切忌反复冻融。送样时使用干冰运输。
3) 请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
3. PCR 产物
1) 请按照提供的 PCR 实验要求来进行引物设计和 PCR 扩增。
2) PCR 产物浓度>10ng/μl,总量>200ng,OD260/280 在 1.8 左右。
3) PCR 产物需经琼脂糖电泳切胶回收纯化。
4) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
5) 样品保存期间切忌反复冻融。
6) 送样时使用干冰运输。
7) 请填写完整的送样订单,并提供PCR产物纯化前后的电泳检测图片,用自封袋密封后随同样品一起送样。


生信分析

标准分析

Alpha多样性分析

稀释曲线

Shannon-wienner曲线

Rank-abandance曲线

Specaccum物种累计曲线

Alpha多样性指数

盒形图

Venn图

物种注释

物种组成分析

OTU及其分类学Heatmap分析

Core microbiome

Krona物种展示

属水平进化发生树

样本聚类柱状图

三元相图

Beta多样性分析

PCA分析

集运Unifrac矩阵Heatmap

PCoA分析

NMDS分析

Hcluster分析

PLS-DA

多元化统计分析

Amova分析

Anosim分析

LEfSe分析

Kruskal-wallis检验

metastats组间显著性差异

Wilcoxon检验

其他分析

网络互作图

CCA/RDA分析

Spearman相关性分析

高级分析


16S PICRUSt功能预测

ROC曲线分析

环境因子关联性分析

扩增子+代谢关联分析