真菌多样性检测,原理:基于真菌核糖体RNA基因内转录间隔区序列(ITS),或其18S核糖体序列,通过PCR方法获得目的片段,之后利用二代高通量测序技术进行测序,得到每个样本里混合片段的单条序列。不同于微生物细菌16S,真菌的18S或者ITS区域差别较大,片段会呈一定情况的弥散。在序列后期OTU划分及序列注释时需要更合理的进行序列优化。我们开发了一套基于多个真菌注释数据库,交叉注释的真菌多样性分类系统,采用ncbi nt,Silva,FungiDB等多个含真菌片段的注释数据库,结合NCBI Taxonomy库,最大程度确保注释准确性和全面性。
1. DNA样本
1)请提供 OD260/280 值介于 1.8~2.0 之间,浓度>15ng/ul和体积>10ul的 DNA,并告知提取DNA所用的方法。
2) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
3) 样品保存期间切忌反复冻融。
4)送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封,以防出现污染。
请填写完整的送样订单和DNA电泳检测电子照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。
2. 环境样品
1)采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积
物等样品>1g,植物树枝叶片、堆肥等>100g.
2) 样品保存期间切忌反复冻融。送样时使用干冰运输。
3) 请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。
3. PCR 产物
1) 请按照提供的 PCR 实验要求来进行引物设计和 PCR 扩增。
2) PCR 产物浓度>10ng/μl,总量>200ng,OD260/280 在 1.8 左右。
3) PCR 产物需经琼脂糖电泳切胶回收纯化。
4) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
5) 样品保存期间切忌反复冻融。
6) 送样时使用干冰运输。
7) 请填写完整的送样订单,并提供PCR产物纯化前后的电泳检测图片,用自封袋密封后随同样品一起送样。
标准分析 | Alpha多样性分析 | 稀释曲线 |
Shannon-wienner曲线 | ||
Rank-abandance曲线 | ||
Specaccum物种累计曲线 | ||
Alpha多样性指数 | ||
盒形图 | ||
Venn图 | ||
物种注释 | 物种组成分析 | |
OTU及其分类学Heatmap分析 | ||
Core microbiome | ||
Krona物种展示 | ||
属水平进化发生树 | ||
样本聚类柱状图 | ||
三元相图 | ||
Beta多样性分析 | PCA分析 | |
集运Unifrac矩阵Heatmap | ||
PCoA分析 | ||
NMDS分析 | ||
Hcluster分析 | ||
PLS-DA | ||
多元化统计分析 | Amova分析 | |
Anosim分析 | ||
LEfSe分析 | ||
Kruskal-wallis检验 | ||
metastats组间显著性差异 | ||
Wilcoxon检验 | ||
其他分析 | 网络互作图 | |
CCA/RDA分析 | ||
Spearman相关性分析 | ||
高级分析 | 16S PICRUSt功能预测 | |
ROC曲线分析 | ||
环境因子关联性分析 | ||
扩增子+代谢关联分析 |