功能基因多样性测序
产品介绍

        利用 NovaSeq 6000 测序技术,可以对功能基因进行保守区域多样性进行研究。通常选取功能基因片段应在500bp以内,以确保可以测通并保证拼接质量。我们已经做过多个功能基因多样性分析,有完善的注释系统数据库。我们基于fungene(http://fungene.cme.msu.edu/)功能基因通用数据库,将功能基因数据库提取出来,可根据您的引物序列进行数据库优化,并结合NCBI Taxonomy进行二次检索,得到完备的注释数据库,对您的功能基因序列进行尽可能全面准确的注释。

样本类型


土壤、水体、肠道内容物、粪便样本等
建议总DNA起始量:>1μg (较纯DNA,无宿主及其他杂质污染)



基因列表

以下提供可个性化注释的功能基因列表供参考:

Antibiotic resistances

 

ACT—Syed Hashsham

BEL—Syed Hashsham

beta_IS6—Robert Stedtfeld

beta_tnpA—Robert Stedtfeld

beta_tnpA2—Robert Stedtfeld

bet_blaSHV—Robert Stedtfeld

bet_tnpA—Robert Stedtfeld

CARB—Syed Hashsham

cefa_qacEdelta—Robert Stedtfeld

chl_cmlA—Robert Stedtfeld

CMY—Syed Hashsham

cprA—Tamara Tsoi Cole

cprB—Tamara Tsoi Cole

CTX-M—Syed Hashsham

dfra1—Syed Hashsham

dfra12—Syed Hashsham

FOX—Syed Hashsham

gapA—Tim Johnson

GES—Syed Hashsham

IMI—Syed Hashsham

IMP—Syed Hashsham

IncW_trwA—Tim Johnson

IncW_trwB—Tim Johnson

IND—Syed Hashsham

intI—Carlos Rodriguez-Minguela

intI1_sub1—Tim Johnson

intI2—Tim Johnson

intI3—Tim Johnson

KPC—Syed Hashsham

mdh_sub1—Tim Johnson

mdh_sub2—Tim Johnson

MIR—Syed Hashsham

MOX—Syed Hashsham

NDM—Syed Hashsham

OXA—Syed Hashsham

pec_aad2—Robert Stedtfeld

PER—Syed Hashsham

repA—Tim Johnson

SHV—Syed Hashsham

SME—Syed Hashsham

spec_aad1—Robert Stedtfeld

strA—Robert Stedtfeld

strB—Robert Stedtfeld

strept_aad—Robert Stedtfeld

TEM—Syed Hashsham

tet1—Robert Stedtfeld

tet2—Robert Stedtfeld

tet3—Robert Stedtfeld

tet31—Syed Hashsham

tet4—Robert Stedtfeld

tetM—Carlos Rodriguez-Minguela

tetQ—Carlos Rodriguez-Minguela

tet_sul2—Robert Stedtfeld

tetW—Carlos Rodriguez-Minguela

vanc_unname—Robert Stedtfeld

VEB—Syed Hashsham

VIM—Syed Hashsham

Biodegradation

alkb—Gerben Zylstra/Elyse Rodgers-Vieira

benA—Stephan Gantner

bph—Gerben Zylstra

bphA1—Stephan Gantner

bphA2—Stephan Gantner

carA—Shoko Iwai

dbfA1—Shoko Iwai

dxnA—Shoko Iwai

dxnA-dbfA1—Tim Johnson

npah—Gerben Zylstra

p450—Gerben Zylstra/Elyse Rodgers-Vieira

ppah—Gerben Zylstra

Biogeochemical cycles

amoA_AOA—Feifei Liu

amoA_AOB—RDP

buk—RDP

but—RDP

cbh1—Cheryl Kuske

chb—Fan Yang

cooS—Fan Yang

cydA—Rachel Morris

dsrA—Alexander Loy/Michael Wagner

dsrB—Alexander Loy/Michael Wagner

exc1—Fan Yang

fixN—Rachel Morris

glx—Qichao Tu

hydA—Fan Yang

lcc_ascomycetes—Chris Wright

lcc_basidiomycetes—Chris Wright

ligE—Ryan Penton

lip—Qichao Tu

mcrA—Blaz Stres

mmoX—Qichao Tu

mnp—Qichao Tu

nag3—Fan Yang

napA—Laurent Philippot

narG—Laurent Philippot

nifD—RDP

nifH—RDP

nirA—RDP

nirB—RDP

nirK—Tracy Teal

nirS—Veronica Gruntzig

norB—Gesche Braker

nosZ—Blaz Stres

nosZ_atypical—Robert Sanford

nrfA—Joel Klappenbach

nrfA_Welsh—Allana Welsh

nxrB—RDP

phnX—Zarraz Lee

pmoA—Tracy K. Teal

ppo—Qichao Tu

scd2—RDP

soxB—Gupta Vadakattu

ureA—RDP

vp1—Chris Wright

xylA—Qichao Tu

gene—contributor

 

Phylogenetic markers

 

EF-Tu—James Kremer

fusA—Scott Santos/Howard Ochman

gyrB—Zarraz May-Ping Lee

ileS—Scott Santos/Howard Ochman

lepA—Scott Santos/Howard Ochman

leuS—Scott Santos/Howard Ochman

pyrG—Scott Santos/Howard Ochman

recA—Scott Santos/Howard Ochman

recG—Scott Santos/Howard Ochman

rplB—Scott Santos/Howard Ochman

rpoB—Scott Santos/Howard Ochman

Metal Cycling

 

arsA—PFAM

arsB—PFAM

arsC—PFAM

arsD—PFAM

 

Plant Pathogenicity

avrE—James Kremer

txtA—RDP

txtB—RDP

Other

baiCD—RDP Staff

cagA—Syed Hashsham

hcnA—Thierry Janssens

phlD—Thierry Janssens

phoD—Elizabeth Bent

phzAThierry Janssens

pltA—Thierry Janssens

pqsA—Thierry Janssens

prnD—Thierry Janssens

Spo0A—Jackson Sorenson

vacA—Syed Hashsham