环境样本Meta测序
产品介绍
        宏基因组学(Metagenomics)是以环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。通过第二代高通量测序技术,对环境中微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及环境之间的关系进行研究的新的微生物研究方法。通过平台成熟的二代高通量测序技术,可较好的了解样本中绝大多数物种基因组情况。通过生物信息学分析,可以研究样本中微生物菌群分类,功能基因相对表达量,以及相关基因参与通路的情况。


技术路线

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送样要求

总DNA提取量>1.5ug (单次建库),浓度>50ng/ul,OD260/280 = 1.8~2.0,送样同时附上电泳图(要求主带清晰无降解,无RNA、无蛋白质等杂质污染)。

生信分析

宏基因组组装及预测

宏基因组组装

基因预测、取冗余、非冗余基因集构建

基因预测及丰度分析

基因数目差异分析

基于基因丰度的PCA、PCoA、cluster、Anosim分析

基于READS的物种注释

物种注释可视化分析

物种注释相对丰度分析

物种注释丰度聚类热图

多样本比较分析

物种/功能PCA、PCoA、NMDS分析

物种/功能聚类分析

物种丰度统计分析

Lefse组间差异物种分析

Anosim、Amova分析

功能注释

KEGG、eggNOG、CAZy、COG、GO、Pfam、Swissprot注释

基因注释数目分析及展示

基于各个数据库基因功能相对丰度分析

功能丰度及聚类热图

基于功能的PCA/PCoA分析

代谢通路分析

iPath代谢通路比较分析

代谢通路图组间差异分析

抗性基因分析

抗性基因注释相对丰度分析

抗性基因功能丰度及聚类分析

Lefse组间差异抗性基因功能分析

抗性基因与物种归属分析