细菌16S全长高通量测序
产品介绍

        依托我们合作伙伴最新的PacBio RSii三代测序平台,可以无需PCR扩增,实现完全意义上的单分子扩增测序。16s作为鉴定物种分类的“分子钟”基因,目前采用二代测序虽然可以测其保守区,但区分度一直受测序长度影响。而三代平台的PacBio RS II的平均读长为8-10Kb,16S rDNA长度大约为1500bp左右,因此结合该平台测序可以成功测序获得16S的全长序列。这样在微生物鉴定方面注释信息可靠度会更为精确。
      


技术路线

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送样要求

1. DNA样本
1)请提供 OD260/280 值介于 1.8~2.0 之间,浓度>15ng/ul和体积>10ul的 DNA,并告知提取DNA所用的方法。
2) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
3) 样品保存期间切忌反复冻融。
4)送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封,以防出现污染。
请填写完整的送样订单和DNA电泳检测电子照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
2. 环境样品
1)采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积物等样品>1g,植物树枝叶片、堆肥等>100g.
2) 样品保存期间切忌反复冻融。送样时使用干冰运输。
3) 请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
3. PCR 产物
1) 请按照提供的 PCR 实验要求来进行引物设计和 PCR 扩增。
2) PCR 产物浓度>10ng/μl,总量>200ng,OD260/280 在 1.8 左右。
3) PCR 产物需经琼脂糖电泳切胶回收纯化。
4) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
5) 样品保存期间切忌反复冻融。
6) 送样时使用干冰运输。
7) 请填写完整的送样订单,并提供PCR产物纯化前后的电泳检测图片,用自封袋密封后随同样品一起送样。

生信分析

                                                        

标准分析

Alpha多样性分析

稀释曲线

Shannon-wienner曲线

Rank-abandance曲线

Specaccum物种累计曲线

Alpha多样性指数

盒形图

Venn图

物种注释

物种组成分析

OTU及其分类学Heatmap分析

Core microbiome

Krona物种展示

属水平进化发生树

样本聚类柱状图

三元相图

Beta多样性分析

PCA分析

集运Unifrac矩阵Heatmap

PCoA分析

NMDS分析

Hcluster分析

PLS-DA

多元化统计分析

Amova分析

Anosim分析

LEfSe分析

Kruskal-wallis检验

metastats组间显著性差异

Wilcoxon检验

其他分析

网络互作图

CCA/RDA分析

Spearman相关性分析

高级分析


ROC曲线分析

环境因子关联性分析

扩增子+代谢关联分析