细菌新属/种全基因组测序
产品介绍
利用新一代测序技术（NGS）可快速批量的得到微生物的DNA序列信息，目前组装软件算法的进步，已经可以完全满足对其基因组结构的研究。目前NCBI已经公布的微生物完整图大约有3000余种。对于重测序来说，我们多关注其SNP，InDel，结构变异（Structural Variation，CNV等信息。Denovo测序则从头开始拼接和注释，适合于新的种属或与参考序列差异较大的菌株。
技术路线
生信分析
Denovo标准报告一般涵盖如下内容：
标准分析 | 测序质量QC结果 |
基因结构预测 | |
基因注释（NR、GO、COG、KEGG） | |
个性化分析 | 与同源菌株进行比对，寻找差异 |
结果可视化（如circos画图等） |
重测序的标准报告一般包含如下内容：
标准分析 | 与参考基因组mapping |
对mapping结果进行统计 | |
SNP/InDel/CV等统计，给出excel列表 | |
个性化分析 | SNP和InDels与SNV数据库进行比对，深度注释 |
功能注释：将基因SNP，氨基酸序列改变，与多个数据库比对，预测对基因功能的改变 | |
mapping时的算法选择：由于mapping方法很多，且结果会有一定差异性。您可以提供方法我们来实现 | |
多个基因组样本之间的高级统计，我们选择合适的统计模型对样本及分组之间差异进行统计分析 |
重测序信息分析流程
