细菌新属/种全基因组测序
产品介绍
        利用新一代测序技术(NGS)可快速批量的得到微生物的DNA序列信息,目前组装软件算法的进步,已经可以完全满足对其基因组结构的研究。目前NCBI已经公布的微生物完整图大约有3000余种。对于重测序来说,我们多关注其SNP,InDel,结构变异(Structural Variation,CNV等信息。Denovo测序则从头开始拼接和注释,适合于新的种属或与参考序列差异较大的菌株。
技术路线

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生信分析
Denovo标准报告一般涵盖如下内容:
 

标准分析

测序质量QC结果

基因结构预测

基因注释(NRGOCOGKEGG

个性化分析

与同源菌株进行比对,寻找差异

结果可视化(如circos画图等)


重测序的标准报告一般包含如下内容:

标准分析

与参考基因组mapping

对mapping结果进行统计

SNP/InDel/CV等统计,给出excel列表

个性化分析

SNP和InDels与SNV数据库进行比对,深度注释

能注释:将基因SNP,氨基酸序列改变,与多个数据库比对,预测对基因功能的改变

mapping时的算法选择:由于mapping方法很多,且结果会有一定差异性。您可以提供方法我们来实现

多个基因组样本之间的高级统计,我们选择合适的统计模型对样本及分组之间差异进行统计分析


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重测序信息分析流程