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环境微生物多样性测序
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       微生物与人类生活息息相关,种类极其庞杂。据保守估计,目前人类已知可分离到的微生物占地球微生物种类的不到1%, 自然界中约有95%~99%的微生物种类是不可分离培养的。二代高通量测序技术的诞生,对于环境微生物多样性分析提供了便捷有效的手段,配合生态学在上世纪70年代就逐渐完善的种群描述模型,极大加速了我们对于微生物种群研究进度。我们已经测试了上千份土壤,植物,海水,极端环境水样,人类皮肤/消化道/口腔,动物肠道等各种类型的样本菌群多样性。分析方法也在不断更新,已经形成了一套完备的环境微生物多样性分析解决方案。
       使用升级后的PE300 Miseq 测序平台(读长可达2×300bp),对环境、动植物等样本中微生物16S/18S/ITS区进行扩增,结合公用数据库Nt,Silva,Greengene(可选)注释,研究样本中菌群分类情况及变化趋势。

送样要求:
1. DNA样本
1)请提供 OD260/280 值介于 1.8~2.0 之间,浓度>15ng/ul和体积>10ul的 DNA,并告知提取DNA所用的方法。
2) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
3) 样品保存期间切忌反复冻融。
4)送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封,以防出现污染。
请填写完整的送样订单和DNA电泳检测电子照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
2. 环境样品
1)采样后务必立即封存样品(冷冻保存,推荐液氮处理),土壤、粪便、污泥、海水沉积
物等样品>1g,植物树枝叶片、堆肥等>100g.
2) 样品保存期间切忌反复冻融。送样时使用干冰运输。
3) 请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。
 
3. PCR 产物
1) 请按照提供的 PCR 实验要求来进行引物设计和 PCR 扩增。
2) PCR 产物浓度>10ng/μl,总量>200ng,OD260/280 在 1.8 左右。
3) PCR 产物需经琼脂糖电泳切胶回收纯化。
4) 送样管务必标清样品编号,管口使用 Parafilm 膜密封。
5) 样品保存期间切忌反复冻融。
6) 送样时使用干冰运输。
7) 请填写完整的送样订单,并提供PCR产物纯化前后的电泳检测图片,用自封袋密封后随同样品一起送样。




测序流程如下:

生信上游分析:

生信下游分析:
1.根据最终可用reads,选择合适百分比聚类划分OTU (Operational Taxonomic Unit)。
2.Alpha 多样性分析(常见的生态学统计指数:Shannon/Simpson/Goods Coverage/Rarefaction Curve,菌群分布百分比等)。
3.Beta多样性分析(样本间比对,差异统计,样本相似度矩阵等)。
4.样本之间差异OTU统计(每个分组至少有3个重复处理)。
5.加入理化因子,进行排序轴分析。
6.其他个性化分析(须提供详细参考文献供评估)。
 

以下展示部分结果示例图:
稀释曲线


样本聚类图


物种分类百分比棘状图



Heatmap图



Pearson相关系数热图



metasee饼状图浏览器截图



带有理化因子的排序轴分析



PCA分析-前5个因子散点图



PCA散点图


venn图

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