北京新科开源基因科技有限公司

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功能基因多样性测序
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      利用Illunima PE2×250bp或者PE2×300bp测序技术,可以对功能基因进行保守区域多样性进行研究。通常选取功能基因片段应在500bp以内,以确保可以测通并保证拼接质量。我们已经做过多个功能基因多样性分析,有完善的注释系统数据库。我们基于fungene(http://fungene.cme.msu.edu/)功能基因通用数据库,将功能基因数据库提取出来,可根据您的引物序列进行数据库优化,并结合NCBI Taxonomy进行二次检索,得到完备的注释数据库,对您的功能基因序列进行尽可能全面准确的注释。





      以下提供可个性化注释的功能基因列表供参考:

Antibiotic resistances

 

ACTSyed Hashsham

BELSyed Hashsham

beta_IS6Robert Stedtfeld

beta_tnpARobert Stedtfeld

beta_tnpA2Robert Stedtfeld

bet_blaSHVRobert Stedtfeld

bet_tnpARobert Stedtfeld

CARBSyed Hashsham

cefa_qacEdeltaRobert Stedtfeld

chl_cmlARobert Stedtfeld

CMYSyed Hashsham

cprATamara Tsoi Cole

cprBTamara Tsoi Cole

CTX-MSyed Hashsham

dfra1Syed Hashsham

dfra12Syed Hashsham

FOXSyed Hashsham

gapATim Johnson

GESSyed Hashsham

IMISyed Hashsham

IMPSyed Hashsham

IncW_trwATim Johnson

IncW_trwBTim Johnson

INDSyed Hashsham

intICarlos Rodriguez-Minguela

intI1_sub1Tim Johnson

intI2Tim Johnson

intI3Tim Johnson

KPCSyed Hashsham

mdh_sub1Tim Johnson

mdh_sub2Tim Johnson

MIRSyed Hashsham

MOXSyed Hashsham

NDMSyed Hashsham

OXASyed Hashsham

pec_aad2Robert Stedtfeld

PERSyed Hashsham

repATim Johnson

SHVSyed Hashsham

SMESyed Hashsham

spec_aad1Robert Stedtfeld

strARobert Stedtfeld

strBRobert Stedtfeld

strept_aadRobert Stedtfeld

TEMSyed Hashsham

tet1Robert Stedtfeld

tet2Robert Stedtfeld

tet3Robert Stedtfeld

tet31Syed Hashsham

tet4Robert Stedtfeld

tetMCarlos Rodriguez-Minguela

tetQCarlos Rodriguez-Minguela

tet_sul2Robert Stedtfeld

tetWCarlos Rodriguez-Minguela

vanc_unnameRobert Stedtfeld

VEBSyed Hashsham

VIMSyed Hashsham

Biodegradation

alkbGerben Zylstra/Elyse Rodgers-Vieira

benAStephan Gantner

bphGerben Zylstra

bphA1Stephan Gantner

bphA2Stephan Gantner

carAShoko Iwai

dbfA1Shoko Iwai

dxnAShoko Iwai

dxnA-dbfA1Tim Johnson

npahGerben Zylstra

p450Gerben Zylstra/Elyse Rodgers-Vieira

ppahGerben Zylstra

Biogeochemical cycles

amoA_AOAFeifei Liu

amoA_AOBRDP

bukRDP

butRDP

cbh1Cheryl Kuske

chbFan Yang

cooSFan Yang

cydARachel Morris

dsrAAlexander Loy/Michael Wagner

dsrBAlexander Loy/Michael Wagner

exc1Fan Yang

fixNRachel Morris

glxQichao Tu

hydAFan Yang

lcc_ascomycetesChris Wright

lcc_basidiomycetesChris Wright

ligERyan Penton

lipQichao Tu

mcrABlaz Stres

mmoXQichao Tu

mnpQichao Tu

nag3Fan Yang

napALaurent Philippot

narGLaurent Philippot

nifDRDP

nifHRDP

nirARDP

nirBRDP

nirKTracy Teal

nirSVeronica Gruntzig

norBGesche Braker

nosZBlaz Stres

nosZ_atypicalRobert Sanford

nrfAJoel Klappenbach

nrfA_WelshAllana Welsh

nxrBRDP

phnXZarraz Lee

pmoATracy K. Teal

ppoQichao Tu

scd2RDP

soxBGupta Vadakattu

ureARDP

vp1Chris Wright

xylAQichao Tu

genecontributor

 

Phylogenetic markers

 

EF-TuJames Kremer

fusAScott Santos/Howard Ochman

gyrBZarraz May-Ping Lee

ileSScott Santos/Howard Ochman

lepAScott Santos/Howard Ochman

leuSScott Santos/Howard Ochman

pyrGScott Santos/Howard Ochman

recAScott Santos/Howard Ochman

recGScott Santos/Howard Ochman

rplBScott Santos/Howard Ochman

rpoBScott Santos/Howard Ochman

Metal Cycling

 

arsAPFAM

arsBPFAM

arsCPFAM

arsDPFAM

 

Plant Pathogenicity

avrEJames Kremer

txtARDP

txtBRDP

Other

baiCDRDP Staff

cagASyed Hashsham

hcnAThierry Janssens

phlDThierry Janssens

phoDElizabeth Bent

phzAThierry Janssens

pltAThierry Janssens

pqsAThierry Janssens

prnDThierry Janssens

Spo0AJackson Sorenson

vacASyed Hashsham

 

 


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