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细菌16S全长高通量测序
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      依托我们合作伙伴最新的PacBio RSii三代测序平台,可以无需PCR扩增,实现完全意义上的单分子扩增测序。16s作为鉴定物种分类的“分子钟”基因,目前采用二代测序虽然可以测其保守区,但区分度一直受测序长度影响。而三代平台的PacBio RS II的平均读长为8-10Kb,16S rDNA长度大约为1500bp左右,因此结合该平台测序可以成功测序获得16S的全长序列。这样在微生物鉴定方面注释信息可靠度会更为精确。
      目前采用三代测16s的技术文献也较多,可参考mothur作者Patrick D Schloss在2015年最新的文章。详细讨论了16s不同区域/不同注释数据库/不同测序技术之间的比较。



以下是三代和二代,以及不同数据库/不同测序区域,对测序注释的影响比较:
不同区域16s测序质量
不同区域测序序列合格比例
不同注释数据库的注释结果比较

不同区域测序质量比较
 
      总之,三代测16s,虽然数据量较少,且error rate较高,但从注释结果来看,精确度高了很多。如果您关心序列注释的精准度,则可以使用三代平台来代替传统的TA克隆,且价格约相当于后者的几十分之一。

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