北京新科开源基因科技有限公司

全国统一咨询电话:400-628-8071(工作时间)
18910949887(技术支持)
18801023024(产品咨询)
Email:market@fixgene.com

主页 > 科研实验 > 三代测序服务 >
细菌新属/种全基因组测序
字号
      利用新一代测序技术(NGS)可快速批量的得到微生物的DNA序列信息,目前组装软件算法的进步,已经可以完全满足对其基因组结构的研究。目前NCBI已经公布的微生物完整图大约有3000余种。对于重测序来说,我们多关注其SNP,InDel,结构变异(Structural Variation),CNV等信息。Denovo测序则从头开始拼接和注释,适合于新的种属或与参考序列差异较大的菌株。Denovo标准分析一般涵盖如下内容:
1. 测序质量QC结果。
2. 基因预测
3. 基因注释(通路相关或指定数据库注释)
个性化内容一般有:
1. 与同源菌株进行比对,寻找差异。
2. 结果可视化(如circos画图等)

重测序的标准报告一般包含:
1. 与参考基因组mapping。
2. 对mapping结果进行统计。
3. SNP/InDel/CV等统计,给出excel列表。
个性化一般有:
1. SNP和InDels与SNV数据库进行比对,深度注释。
2. 功能注释:将基因SNP,氨基酸序列改变,与多个数据库比对,预测对基因功能的改变。
3. mapping时的算法选择:由于mapping方法很多,且结果会有一定差异性。您可以提供方法我们来实现。
4. 多个基因组样本之间的高级统计。我们选择合适的统计模型对样本及分组之间差异进行统计分析(通常用R语言来实现)。

     如您有任何关于测序疑问,可以随时与我们技术人员取得联系。



     De novo测序技术流程如下:


      重测序方法如下:


科研实验 生物信息学 科研加速器 技术支持 关于我们