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零基础培训入门班
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生物信息学数据分析入门培训班第四期

培训通知

我们始终认为生物信息是一个庞杂的学科,涵盖了算法,软件/硬件,生物学阐释等多个分支。任何培训均无法涵盖完全,您也不可能在短短几天或者几周时间里掌握所有方法。学习生物信息,最重要的是扎实基本功。

我们不建议没有编程基础的朋友一开始就学习各种软件使用方法,使用别人的程序脚本,那样无异于盲人摸象,很可能会得到错误的分析结果,且无所适从,被某个简单编程即可解决的问题一直困扰。

真正的分析技能,需要的是基础的编程能力和自主设计并实现的数据挖掘分析能力,而不是简单的使用某个软件/脚本使用某个SOP跑遍流程就能解决的

生物科研已全面进入大数据的时代,数据分析技能显得越来越重要!能够独立分析大数据,成为许多科研朋友迫切想掌握的技能。

不同于其他偏重宏观理论和原理讲解的讲座,我们培训班将从生信基础技能开始,结合常见数据分析案例进行讲解。

希望可以让大家少走弯路,在最短时间内提高数据分析能力。

开课前期均获得了学员宝贵意见和建议,我们培训班在每期逐渐增加内容。配套教材将同步发放,听课的所有往届朋友均可收到每期最新的教材。

1. 为确保学员掌握独立分析技能,会在课下发放部分视频操作教程;您可以在自己的电脑上模拟操作。

2. 培训后掌握情况不理想的,可下期课程免费培训,以确保学习效果

3. 报名费用:零基础初级班培训3000元/人,为确保听课效果,可在课程结束后报账。确保您学到有用的知识。

4. 来时可带分析数据中遇到的问题,可帮学员解决

5. 详细培训内容请咨询我们技术人员。为确保培训质量,每期培训班只限招收10人,报满为止。

 培训时间:2015.6.13-6.14两天。
 地点:中国农业大学东校区 食品学院大楼5楼会议室(地铁六道口站C口向东约200米)

上午 9:00—12:00 

上午 9:00—12:00

PART 1. 高通量测序技术(NGS)简介 ( 约30min )

PART 1. 微生物及功能基因多样性分析专题 ( 约3h )

S1.NGS发展历史, 二代和三代测序比较

S1.分析平台介绍

S2.NGS相关术语解读.

S2.几种常见多样性分析软件比较(mothur,qiime,R)

PART 2. NGS常见数据下机格式介绍 ( 约1h )

S3.基因多样性数据分析流程及优化(mothur为例)

S1. 常见下机序列格式说明

S4. 序列质控,拼接要点

S2. 常用序列格式转换方法介绍(软件/bioperl)

S5. 比对数据库制作

PART 3. 序列储存 (约1.5h )

(从NCBI批量获取序列从头构建自己的功能基因注释数据库)

S1. 了解数据库理论基本知识

S6. 划分OTU的几种常用方法

S2. 网上常用数据库及存储格式介绍

S7. Alpha 多样性计算

S3. 如何批量检索数据库 (终端批量检索ncbi并抽提数据)

S8. Beta 多样性计算

S4. 如何从头构建自己的序列数据库 (以功能基因为例)

S9. Mothur 后期输出文件自动统计绘图

 

(自写 bioperl/perl+R 脚本实现)

下午1:30—5:30

PART 2.答疑 ( 约1h )

PART 1. Linux 入门培训( 约1.5h )

 

S1. Linux操作系统简介

下午1:30—5:30

S2. 常用的linux 命令

PART 1.知识拓展( 约3h )

S3. vi编辑器及简易编程基础(正则表达式)

S1.全基因组denovo测序实验设计及数据分析流程

S4. 常用生物信息学软件的安装及使用

S2.转录组(有参和无参)实验设计及数据分析流程

PART 2. R 语言快速入门 ( 约2h )

S3. Metagenome实验设计及数据分析流程

S1. R 语言的基本介绍

S4.总结资料发放

S2. R 语言输入输出

PART 2. 答疑( 约1h )

S3. R 语言控制流及函数编写

 

S4. R 语言常用函数及应用

课下服务:

1. 提供专用答疑QQ群服务,学习过程中遇到问题可随时发问,我们会在第一时间给予解答。

2. 提供部分视频,供大家自学使用。

3. 提供每期最新培训教材,确保知识同步更新。

4. 对课题遇到数据分析问题,免费给予解答。

S5. R 语言常用统计方法及应用

S6. R 语言常用绘图命令及应用

S7. Heatmap 热图绘制专题

S8. 如何学习和使用包 

PART 3. 答疑 ( 约30min )

 

 

【注】课程设计原理:

初级课程针对的是零基础生物背景的广大生物科学研究生。本套课程分为4大模块:

1. Linux系统入门。由于生物数据多属于文本大数据。对文本文档的操作,linux系统有着天生的优势,因此掌握linux是入门的必备。从我们7年多linux使用经验来看,linux系统发展到今天,完全可以满足我们日常学习/娱乐/工作用。学会使用它,可以极大提高我们的工作效率。

2. R语言入门。作为一个开源的统计/作图的专业软件,R语言当今已经是众多科学家的不二选择。R在序列处理/统计学算法/绘制专业图片等方面的强大功能,也得到了全世界科研工作者的青睐。R语言支持批量化处理,我们可以很方便的批量从文本中取得目的数据,并进行统计作图。

3. 精讲微生物多样性分析。作为一个经典案例,多样性分析步骤多而不乱(约30~40步),每步均只实现一个功能,正符合了Unix程序“KISS”设计风格。我们通过1个多样性分析sop流的讲解,配合自行编写的软件脚本对其优化,让大家学会在拿到序列数据后,一步步的得到结果,并了解每步如何影响最终结果,以及结果的可视化展现。熟练掌握了这个流程,就等于学会了在R+linux系统+第三方软件+自行编写基本代码,一起协同工作。

4. 基因组分析常用的方法。目前常用的如转录组,全基因组,宏基因组和代谢组学。它们的常用分析流程。该模块讲解旨在抛砖引玉,让大家有的放矢的根据自身需要进行自主学习。

 

如果有一定基础的生信朋友,可以考虑我们的中级编程技巧班R语言高级统计分析班


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