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技能提高中级班
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生物信息学数据分析中级编程技巧培训班

培训通知

本培训班着重讲解数据库系统设计和perl编程(bioperl)/circos编程绘图2大模块。适合有一定linux基础和基本编程能力的学员。

本培训所有示例代码均为调试成功的可运行代码,并配有视频展示课件。大家可在课下自行编程重现。

本培训收费3000元/人,为期2天。请自备笔记本电脑。我们提供中级班答疑群,免费为大家在编程中遇到的问题给予解答。

课程大纲

第一天:数据库系统设计及mysql检索语言(biosql)

第一天上午

第一天下午

生物数据库设计/运营/管理目前现状。

生物学数据库Biosql解析

2. 数据库模型(三级模式+二级映像,E-R图等)

实战:将NCBI gb序列分拆至biosql

3. 关系代数

实战:统计NCBI数据库基本情况(以SRA/genbank为例)

4. SQL查询语言

 

5. 数据库设计(1NF~3NF,BCNF,4NF)

答疑

6. 数据库新技术(Nosql Key-Value)

 

 

 

第二天:编程进阶

第二天上午:perl编程提高

第二天下午:科研绘图Circos软件编程

Perl基本编程知识回顾

Circos的安装

Perl模块/包使用

Circos绘图基本原理

3. Perl高级正则表达式

Circos绘图实战

4. Bioperl项目详解(以常见8个包为例)

基于Circos的第三方统计脚本介绍

 

【注】课程设计原理

1. 中级课程主要针对已经有一定编程基础的广大科研工作者。本套教程分为2大模块:

数据库系统知识。由于拥有自有数据的科室越来越多,管理和运行查询这些数据显得尤为重要。构建实验室自身生物数据库,发布到网络,这点在国外科研界已经较为流行。针对这些需求,我们编写了数据库培训课程。值得注意一点的是,数据库本属于IT技术的范畴,有着严格成熟的体系,系统而全面的掌握它需要坚实的IT背景以及大量时间;而我们生物学数据只是其中的一种,所以我们在编写课件时,尽可能贴近生物学实际,对冗长的数据库理论进行内容精简,在最短时间里让大家可以设计并运行自己的数据库系统。

2. Perl编程作为一个拯救人类基因组计划的“利器”,与Python并称为生物信息学家的语言。Perl拥有着灵活的写法。我们总结了编程中的几个重要的模块,结合bioperl扩展包,展示如何使用简单编程而解决常见的生物学问题。

3. Circos是一款基于svg作图,perl控制实现的开源数据可视化软件。我们剖析circos的工作配置文件,并结合第三方Perl脚本,可实现将生物学数据分析结果自动可视化,或制作出可供文献发表的精美图片。

 

如果有对统计算法模型感兴趣的朋友,可以考虑我们的R语言高级统计分析班


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